1) 如卵巢子宫内膜异位症较多见为80%患者的病变累及一侧卵巢，双侧卵巢同时波及者占50%，早期卵巢表面及皮层中可见紫褐色斑点或小泡，随着病变的发展卵巢内的异位内膜反复出血而形成单个或多个囊肿、囊内含暗褐色粘糊状陈旧血，象巧克力液体，故称卵巢巧克力囊肿，这种囊肿如增大囊内压力就过高，囊壁出现小裂隙，并有少量血液渗漏。引起腹壁炎性反应和组织纤维化闭合，导致卵巢与周围组织粘连不活动。（这种情况往往会误当成盆腔炎来治疗。）

    2) 宫骶韧带、直肠子宫陷窝、子宫后壁下段可有散在紫褐色出血点或颗粒状散在结节，病变发展使子宫后壁与直肠前壁粘连。严重者的异位内膜向直肠阴道隔发展凸出。(引起排便性交疼痛。）

    3) 腹膜早期病变，通过腹腔镜可见到无色素的早期子宫内膜异位腹膜病灶。如白色混浊腹膜灶、火焰状红色病灶、腺样息肉灶和卵巢粘连等。这些病灶发展成典型的色素灶约需6—24个月。

    4) 宫颈很少累及。但输卵管是在管壁浆膜层见到紫褐色斑点或小结节，常与周围组织粘膜。（这种情况使很多患者甚至医生对此警觉性不高。）